Наиболее значительное произведение Вячеслава Шишкова — историческая эпопея «Емельян Пугачев», последняя, итоговая книга писателя. Автор воссоздал сложную историческую эпоху, богатую событиями и характеристиками, создал пронзительно реалистический образ народного борца за волю, личность богатырскую, щедро одаренную природой, воплотившую живительный исторический оптимизм народа. Книга, основанная на многолетнем изучении исторических документов, явилась крупным вкладом в развитии советского исторического жанра и была удостоена в 1946 году Государственной премии СССР.